Свое начало компания Freight Alliance берёт с января 2003 года выступая на рынке транспортных услуг в качестве фрахтового брокера, годом позже, в компании был основан отдел агентирования морского флота в портах: Санкт Петербург, Выборг, Высоцк. Начиная с 2007 года, следуя запросам своих клиентов, компания начинает предоставлять услуги по транспортно экспедиторскому обслуживанию внешнеторговых грузов в порту Санкт Петербург.
С января 2010 года экспедиторский отдел компании осуществляет свою деятельность под именем FR Alliance Logistics.